Sekda dikategorikan sebagai jabatan karir, bukan jabatan politik.Artinya, Sekda tetap menjabat selama masih dipercaya oleh kepala daerahnya dan tidak dibatasi oleh periode jabatan tertentu.
Aturan mengenai periode jabatan Sekda definitif di Indonesia diatur dalam beberapa regulasi, yaitu:
Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara (ASN)
Pasal 154 ayat (1): Sekretaris Daerah merupakan pejabat struktural tertinggi dalam suatu instansi pemerintah daerah.
Pasal 154 ayat (2): Sekretaris Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Presiden atas usulan Menteri Dalam Negeri.
Peraturan Presiden Nomor 3 Tahun 2018 tentang Penjabat Sekretaris Daerah
Pasal 3 ayat (1): Sekretaris Daerah definitif diangkat berdasarkan hasil seleksi terbuka.
Pasal 3 ayat (2): Masa jabatan Sekretaris Daerah definitif adalah 5 (lima) tahun dan dapat diperpanjang sekali periode untuk masa jabatan paling lama 5 (lima) tahun.
Pasal 3 ayat (3): Sekretaris Daerah definitif yang telah menduduki jabatan selama 5 (lima) tahun dan telah mencapai usia 60 (enam puluh) tahun, diberhentikan dengan hormat pada tanggal 1 (satu) Januari tahun berikutnya.
Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 91 Tahun 2019 tentang Penunjukan Sekretaris Daerah
Pasal 5 ayat (1): Sekretaris Daerah provinsi yang ditunjuk oleh Menteri sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 ayat (2) huruf a menjabat dalam jangka waktu paling lama 3 (tiga) bulan atau berhenti pada saat dilantiknya sekretaris daerah provinsi definitif.
Pasal 5 ayat (2): Penjabat sekretaris daerah kabupaten/kota yang ditunjuk oleh gubernur sebagai wakil pemerintah pusat menjabat dalam jangka waktu paling lama 3 (tiga) bulan dan/atau berhenti pada saat dilantiknya sekretaris daerah kabupaten/kota definitif.
Berdasarkan regulasi di atas, periode jabatan Sekda definitif adalah 5 (lima) tahun dan dapat diperpanjang sekali periode untuk masa jabatan paling lama 5 (lima) tahun.
Perlu diingat bahwa terdapat beberapa pengecualian terhadap ketentuan tersebut, seperti:
Sekretaris Daerah yang diberhentikan dengan tidak hormat.
Sekretaris Daerah yang diberhentikan atas permintaan sendiri.